MedeA

MedeA on Materials Design Inc.:n integroitu ohjelmistoympäristö atomistiseen materiaalien mallinnukseen ja simulointiin.

Saatavuus

Roihu-CPU: 1.13.1

Lisenssi

Kaupallinen, lisätietoja Materials Designilta.

Käyttö

Nämä ohjeet olettavat, että MedeA:n GUI on jo asennettu omalle tietokoneellesi. MedeA JobServer ja TaskServer toimivat säiliössä Roihun kirjautumissolmulla, ja TaskServer lähettää laskennat Slurmiin. VASP- ja LAMMPS-laskennat käyttävät Roihun omia vasp- ja lammps-moduuleja.

Ota palvelimet käyttöön Roihussa (kerran)

Kirjaudu siihen kirjautumissolmuun, jossa palvelimesi toimivat. Käytä aina samaa solmua, koska palvelimet toimivat siellä:

ssh roihu-cpu-login1.csc.fi

Lataa MedeA-palvelinskriptit:

module load medea-servers/3.13.1

Luo työhakemisto ja generoi palvelimen asetustiedostot JobServer.options ja TaskServer.options:

mkdir -p /scratch/<project>/$USER/medea
cd /scratch/<project>/$USER/medea
medea-init-servers.py --jobserver-port 32077 --taskserver-port 23077 --batch-project <project>

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esim. project_2001234); Slurm-työt laskutetaan siltä. Kirjautumissolmu on jaettu muiden käyttäjien kanssa, joten valitse omat kaksi porttinumeroasi numeroiden 32077 ja 23077 sijaan (mitkä tahansa vapaat portit väliltä 1024–65535).

Generoitu TaskServer.options lähettää työt näillä asetuksilla. Muokkaa tiedostoa, jos tarvitset erilaiset asetukset:

Rivi	Merkitys
`-batch_project <project>`	Laskutusprojekti (Slurm `--account`), asetettu valitsimella `--batch-project`
`-batch_queue small`	Slurm-osio
`-nprocessors 128`	Ytimien enimmäismäärä tehtävää kohti
`-ntasks 4`	Samanaikaisten tehtävien enimmäismäärä

Käynnistä ja pysäytä palvelimet

Suorita nämä samassa kirjautumissolmussa, työhakemistossasi, moduuli ladattuna:

module load medea-servers/3.13.1
cd /scratch/<project>/$USER/medea

Käynnistä JobServer ja TaskServer:

medea-start-servers.sh

Tarkista, että instanssit medea-jobserver ja medea-taskserver ovat käynnissä:

apptainer instance list

Pysäytä palvelimet, kun et enää tarvitse niitä:

medea-stop-servers.sh

Avaa SSH-tunneli tietokoneeltasi

Omalla tietokoneellasi ohjaa paikallinen portti JobServer-porttiisi (tässä 32077):

ssh -N -f -L localhost:32001:localhost:32077 roihu-cpu-login1.csc.fi

JobServerin verkkosivu on nyt osoitteessa http://localhost:32001/index.html.

Sulje tunneli:

pkill -f "ssh -N -f -L localhost:32001:localhost:32077 roihu-cpu-login1.csc.fi"

Yhdistä GUI Roihuun

Käynnistä MedeA GUI ja siirry sitten kohtaan File » Preferences » JobServers ja lisää JobServer nimellä Roihu ja osoitteella http://localhost:32001.

Joka kerta kun työskentelet MedeA:lla: käynnistä palvelimet Roihussa (vaihe 2), avaa tunneli (vaihe 3) ja käynnistä sitten GUI.

Vianmääritys

Palvelimet eivät käynnisty tai portti on käytössä: valitse muut portit, suorita medea-init-servers.py uudelleen niillä ja käytä uutta JobServer-porttia SSH-tunnelissa.
Missä tiedostoni ovat? Työdata on hakemistossa <workdir>/JobServer/Jobs ja tehtävien ajohakemistot hakemistossa <workdir>/TaskServer.